Bioinformática
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Saltar para a navegaçãoSaltar para a pesquisaBioinformática é a aplicação da ciência da computação e da ciência e tecnologia da informação ao campo das ciências da vida.[1] A bioinformática lida com algoritmos, bancos de dados, estruturas de dados, modelos de Markov[2], casamento de padrões (pattern matching)[3], tecnologias web e estatística. A bioinformática envolve várias disciplinas nas áreas de ciências e biologia e não seria possível sem os modernos avanços em computação de hardware e software.[4] Um dos principais campos relacionados à bioinformática atende pelo nome geral de biologia molecular computacional. Em um sentido amplo, consiste em técnicas de ciências matemáticas e de computação para ajudar a resolver problemas em biologia molecular. Este campo inclui o alinhamento de sequências, filogenética e rearranjos genômicos.[5] Um dos grandes sucessos no campo da bioinformática foi o Projeto Genoma Humano, concluído em 2003.[2]
Alguns temas
Um alinhamento de sequência, produzido pelo software ClustalW, de duas proteínas dedo de zinco humanas, identificados à esquerda pelo número de acesso GenBank..
- Alinhamento de seqüências
- Alinhamento de seqüências múltiplas
- Filogenética
- Genômica
- Proteômica
- Bilogia de Sistemas[6]
- Bioinformática estrutural e descoberta de drogas
- Modelagem de sistemas biológicos
- Previsão da estrutura da proteína
- Interação Molecular, algoritmos de Docagem
- Análise de expressão de genes e expressão de proteínas
- Análise da regulação
- Biologia evolutiva Computacional
- Seqüenciamento de DNA[7]
Bancos de dados
- GenBank e GenPept
- RefSeq
- UniProt/Swiss-Prot
- EMBL
- ENTREZ
Softwares comumente usados em bioinformática
| Software | Recurso | Descrição | Licença |
|---|---|---|---|
| BioPerl | http://bioperl.org | Uma coleção de módulos Perl que facilitam o desenvolvimento de scripts Perl para bioinformática | Licença "Artistic License" e GPL |
| BioPython | http://biopython.org | Ferramentas Não comerciais Python para biologia molecular computacional, bem como bioinformática | Licença Biopython |
| BioRuby | http://bioruby.open-bio.org | Um pacote de código Open Source Ruby para análise de seqüência de ADN e proteínas, alinhamento, análise de banco de dados e outras ferramentas de Bioinformática | GPL |
| R | http://www.r-project.org | Linguagem de programação e ambiente de software para computação estatística e gráficos. | GPL |
| BLAST | http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi | É um algoritmo para comparar a informação de sequências primárias biológicas, tal como as sequências de aminoácidos de proteínas diferentes ou nucleotídeos de sequências de ADN | Domínio público |
| ClustalW | http://www.clustal.org | É um programa de computador para alinhamento múltiplo de sequências | Gratuíta para usuários acadêmicos |
| Dendroscope | http://www.dendroscope.org | É um software interativo de computador escrito em Java para visualizar árvores filogenéticas | Gratuíta, mas não de código aberto |
| EMBOSS | http://emboss.sourceforge.net | É um pacote de software de análise de código aberto livre especialmente desenvolvido para as necessidades da comunidade de usuários de biologia molecular e bioinformática | GPL e LGPL |
| FASTA | http://fasta.bioch.virginia.edu | Is a DNA and protein sequence alignment software package | Gratuíta para usuários acadêmicos |
| MEGA, Molecular Evolutionary Genetics Analysis | http://www.megasoftware.net | É um software para ajudar cientistas e estudantes na confecção de dendrogramas, ou árvores filogenéticas utilizando sequências de nucleotídeos ou proteínas | Disponível gratuitamente |
| PAUP | http://paup.csit.fsu.edu/ | É um programa computacional de filogenética para inferir árvores evolutivas (filogenias) | Software proprietário |
| PHYLIP | http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/getme.html | é um pacote gratuito de programas de filogenia computacional para inferir árvores evolutivas (filogenias) | Disponível gratuitamente |
Referências
- ↑ Ramsden, Jeremy J. Bioinformatics: An Introduction. 2ª ed. London: Springer, 2009. 265 p. p. 2. ISBN 978-1-84800-256-2
- ↑ 2,0 2,1 Sharma, Kal Renganathan. Bioinformatics: Sequence Alignment and Markov Models. New York: McGraw-Hill, 2009. 320 p. p. 1. ISBN 978-0-07-159306-9
- ↑ Gusfield, Dan. Algorithms on Strings Trees and Sequences:Computer Science and Computational Biology. Cambridge: Cambridge University Press, 1997. 534 p. p. 1-84. ISBN 0-521-58519-8
- ↑ Lesk, Arthur M. Introduction to Bioinformatics. 3ª ed. Oxford: Oxford University Press, 2008. 474 p. p. 16. ISBN 978-0-19-920804-3
- ↑ Setubal, João; Meidanis, João. Introduction to Computational Molecular Biology. Boston: PWS Publishing Company, 1997. 296 p. p. xi. ISBN 0-534-95262-3
- ↑ In: V. Maly, Ivan. Systems Biology. New York: Humana Press, 2009. p. 512. ISBN 978-1-934115-64-0
- ↑ Alphey, Luke. DNA Sequencing:From Experimental Methods to Bioinformatics. New York: Springer/BIOS Scientific Publishers, 1997. p. 206. ISBN 0-387-91509-5
Leitura posterior
- Achuthsankar S Nair Computational Biology & Bioinformatics – A gentle Overview, Communications of Computer Society of India, Janeiro de 2007
- Curso gratuíto do MIT: Algorithms for Computational Biology
